מערכת הולכת השפכים המרכזית של גוש דן כוללת תחנות שאיבה וסניקה וקווי הולכת השפכים, אשר נושאים את מרבית שפכי המטרופולין אל עבר מכון השפד"ן בראשון לציון. שם השפכים הופכים לאחר תהליך הטיפול והטיהור למצרך יקר מפז – מי השקיה לחקלאות. מערכת הולכת השפכים נבנתה לפני למעלה מ-30 שנה ובעשור האחרון משקיע איגודן משאבים כספיים וניהוליים רבים על מנת להתאים אותה לעידן הנוכחי. שדרוג מערכת ההולכה מבוצע בטכנולוגיות בינלאומיות חדישות שנועדו להבטיח את עמידתה של צנרת ההולכה ל-30 השנים הקרובות. לנוכח צרכי האוכלוסייה הגדלה ופיתוח המרחב העירוני בגוש דן, איגודן ממשיך לפעול להתאמת תשתית האיסוף, ההולכה וטיהור השפכים לצרכים אלה.